Starfsstöðvar Náttúrufræðistofnunar Íslands eru tvær, í Garðabæ og á Akureyri, og borkjarnasafn stofnunarinnar er á Breiðdalsvík þar sem það er rekið í samstarfi við Breiðdalssetur.

Móttökukerfi í Garðabæ er opið kl. 10–15 alla virka daga og símaafgreiðsla á Akureyri og í Garðabæ er opin kl. 9–16. Kennitala stofnunarinnar er 480269-5869 og netfang ni@ni.is.