Í plöntu- og sveppasöfnum Náttúrufræðistofnunar Íslands eru varðveitt um 200 þúsund eintök, þar af eru rúmlega 150 þúsund skráð í gagnagrunna. Söfnunum er skipt eftir lífveruhópum í safn æðplantna, mosa, flétta, sveppa og þörunga. Safneintök eru varðveitt þurrkuð og innihalda söfnin stóran hluta íslenskra tegunda. Tilgangur safnanna er að varðveita eintök allra íslenskra plöntu- og sveppategunda til að sýna breytileika þeirra og útbreiðslu. Söfnin eru einkum nýtt við rannsóknir í flokkunarfræði, líflandafræði og þróunarsögu.

Æðplöntu- og mosasafnið er að meginhluta varðveitt í safnaskála stofnunarinnar í Garðabæ en mestur hluti sveppasafnanna (að meðtöldum fléttum), auk allstórs æðplöntusafns, er varðveittur á stofnuninni á Akureyri.

Plöntu- og sveppasöfnin eru skráð í gagnagrunn samkvæmt Darwin Core-staðli. Hægt er að nálgast hluta af gögnunum, þar á meðal lýsingu á tegundum og útbreiðslu þeirra, á staðreyndasíðum í flokkunarkerfi lífríkis og á vefnum Flóra Íslands. Þeim er einnig miðlað á erlendum vefjum  eins og Global Biodiversity Information Facility (Gbif) og Encyclopedia of Life (EOL).

Eintök úr safninu eru lánuð tímabundið til rannsókna eða á sýningar samkvæmt reglum Náttúrufræðistofnunar Íslands um gripalán.